Хроматография широко используется в токсикологических исследованиях. Основные направления:

• определение алкоголя в биологических жидкостях
• скрининг наркотических и психоактивных веществ
• определение отравлений суррогатами алкоголя

Важную роль хроматография, особенно направление ВЭЖХ, играет в фармакологии. Газовая хроматография используется для определения остаточных растворителей в фармпрепаратах. В некоторых случаях методы ГХ применяют и при производстве лекарств. Высокоэффективная жидкостная хроматография (ВЭЖХ) является базовым методом анализа качества субстанций и готовых лекарственных средств.